牙菌斑的去除方法有很多种，最常见的方法是通过刷牙去除牙菌斑，刚吃完饭以后如果做菌斑染色，会发现在牙面上大部分都是牙菌斑，但是这些牙菌斑通过刷牙的方法可以完全去除，菌斑染色的部位都可以去除。

如果牙菌斑附着在牙结石上，紧紧围绕在牙齿周围，很难通过刷牙的方法去除，可以进行超声洁牙来处理，通过洁牙的方法去除附着在牙结石上的牙菌斑，从而使牙齿恢复正常健康的状态。如果牙菌斑附着在龈下牙石上，需要进行牙周刮治也就是龈下刮治和根面平整，去除龈下的牙石才能够去除牙菌斑。